Están integrados por grupos de proyectos de investigación, con sus investigadores, auxiliares y becarios articulados alrededor de una problemática común.
| Programa Cultura y Pensamiento Crítico | sitio web |
| Programa Cambio Estructural y Desigualdad Social | sitio web |
| Programa de Estudios sobre Control Social (PECOS) | |
| Programa Historia Urbana | |
| Programa sobre la Sociedad de la Información (SOCINFO) | sitio web |
| Programa de Historia Política | sitio web |
| Programa de Investigaciones sobre Cambio Social (PICASO) | |
| Programa de Investigaciones sobre Conflicto Social | sitio web |
| Programa de Investigación sobre Trabajo y Empleo (PAITE) | sitio web |
| Programa de Estudios sobre Universidad Pública (PESUP) | sitio web |
| Programa de Investigación sobre Analisis de las Clases Sociales | |
| Programa de Estudios Foucaultianos (PEF) | |
| Programa de Investigación Comparativa (PIC) | |
| Programa de Estudios Críticos sobre Ideología, Técnica y Política |